[Desktop Entry]Luego como administrador copiarlo a /usr/share/applications/ y el programa ya estara disponible.
Name=JDownloader
GenericName= Gestor de Descargas
Comment= Gestor de Descargas. Especialmente para Megaupload, Rapidshare,MediaFire.
Exec=java -jar /usr/programas/JDownloader/JDownloader.jar
Icon=/usr/programas/JDownloader/jd/img/jdownloader.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=Internet;Network;
Lo mas importante en el contenido del archivo anterior son las lineas Exec y Categories. En Exec se escribe el nombre (o comando) del programa a ejecutar. En Categories se indica a que grupo de programas pertenece. En el ejemplo anterior el programa pertenece a la categoría Network es decir el programa aparecerá en el submenu Internet.
Para mas ejemplos y categorías disponible puedes abrir con el editor de texto cualquier archivo en la carpeta /usr/share/applications/
Mas informacion en: http://library.gnome.org/admin/system-admin-guide/stable/menustructure-desktopentry.html.en