Para reparar el sistema de archivos de Ubuntu (ext2,ext3,ext4) hay que usar el comando e2fsck (extended second file system check, segundo sistema de archivos extendido).
sudo e2fsck -f -p -D -C
Paramentro
-f fuerza la verificacion del sistema de archivos aunque paresca que esta bien.
-p automaticamente repara el sistema de archivos sin ninguna pregunta.
-D optimisa el sistema de archivos
-C 0 muesta informacion del progreso de e2fsck (hay que poner un espacion seguido de un 0)
Manual completo (ingles) de e2fsck: http://linux.about.com/od/commands/l/blcmdl8_e2fsck.htm
